1、在建设工程纠纷中，涉及工程款纠纷的，当事人有明确约定的，人民法院应当按照当事人的约定判决;如果约定不明确，如暂定等，但约定按照某一定额进行结算，人民法院委托鉴定时应当明确按照该定额进行结算。这样做是符合《合同法》第64条的规定的。

但是，法院这样做的前提是有赖于工程造价行业的观念和管理方式的改变。其核心在于如何看待建设工程定额的性质，一旦明确了定额不是政府定价或者政府指导价后，这种变化是必然的。但是，人民法院在这一改变前并不是无能为力的，因为理论上人民法院的判决是具有最高效力的行为指针。人民法院可以通过尊重当事人的判决来推动这一变化。

2、应当允许当事人在工程建设的过程中提起诉讼，也可以对工程造价进行阶段性的鉴定。不能一概地要求建设工程诉讼必须是在工程竣工后进行。

3、对于当事人的违约责任，人民法院必须严格追究。不能因为建设工程纠纷的违约责任追究十分困难就放弃追究，我国建设工程领域的许多问题(包括质量问题)，都是产生于不能严格履行合同。